Sự khác biệt chính: Archaea là những sinh vật đơn bào thiếu nhân và giải phóng mêtan như một sản phẩm của quá trình trao đổi chất. Vi khuẩn là những sinh vật đơn bào thiếu nhân, ty thể, lục lạp, golgibody và ER.

Các sinh vật rất quan trọng đối với sự tồn tại của chúng ta khi con người và tất cả các sinh vật sống khác phát triển từ chúng. Các sinh vật có thể được phân thành hai loại: eukaryote và prokaryote. Các vi sinh vật prokaryote có thể được phân loại thành ba lĩnh vực: eukarya, vi khuẩn và vi khuẩn cổ. Điều này có thể trở nên hơi khó hiểu vì hai cái này giống nhau về ngoại hình và thường có thể bị nhầm lẫn chỉ dựa vào vẻ ngoài, mặc dù chúng khác nhau theo nhiều cách.

Archaea là một miền của các vi sinh vật đơn bào. Archaea ban đầu được phân loại theo prokaryote là vi khuẩn cổ, tuy nhiên phân loại này hiện được coi là lỗi thời. Archaea hiện là một miền thích hợp trong hệ thống ba miền cho một loại sinh vật đơn bào vì chúng có một lịch sử độc lập và có nhiều điểm khác biệt so với các vi sinh vật khác. Archaea được chia thành bốn phyla được công nhận, nhưng nhiều phyla có thể tồn tại. Từ 'archaea' có nguồn gốc từ tiếng Hy Lạp cổ đại ἀρχαῖα, có nghĩa là "những thứ cổ xưa". Các vi sinh vật Archaea không có nhân tế bào hoặc bất kỳ bào quan nào có màng bao trong các tế bào của chúng. Archaea lần đầu tiên được chia thành một nhóm riêng vào năm 1977 bởi Carl Woese và George E. Fox dựa trên trình tự gen RNA ribosome (rRNA). Ban đầu nó được gọi là Archaebacteria và Eubacteria, sau này được đổi tên thành Archaea và Bacteria. Merriam Webster định nghĩa 'archaea' là, các vi sinh vật của miền (Archaea) bao gồm các dạng sản sinh mêtan đặc biệt, một số dạng halophilic đỏ và các dạng khác của môi trường axit nóng khắc nghiệt (như một suối nước nóng).

Archaea tương tự như vi khuẩn về hình dạng và kích thước; đây là nơi mà sự nhầm lẫn bắt nguồn từ đó, tuy nhiên một số vi khuẩn cổ có hình dạng rất khác thường, chẳng hạn như các sinh vật Haloquadratum walsbyi có các tế bào hình phẳng và hình vuông. Archaea cũng là những sinh vật lâu đời nhất đã được phát hiện. Chúng có đường kính từ 0, 1 micromet (mm) đến đường kính trên 15 mm và xuất hiện ở nhiều hình dạng khác nhau bao gồm hình cầu, hình que, hình xoắn ốc, tấm, tế bào thùy, sợi giống hình kim và hình que hình chữ nhật. Mặc dù vi khuẩn cổ trông giống như vi khuẩn, nó có gen và quá trình trao đổi chất tương tự như sinh vật nhân chuẩn, bao gồm cả ba loại polymerase RNA. Archaea dựa vào lipit ether trong màng tế bào của chúng để tồn tại. Một đặc điểm độc đáo khác của vi khuẩn cổ là chúng có thể sống sót trong điều kiện khắc nghiệt, chẳng hạn như nước cực nóng, cực lạnh hoặc cực kỳ mặn. Ngoài ra, thành tế bào vi khuẩn cổ thiếu peptidoglycan, có trong vi khuẩn. Trong hầu hết các vi khuẩn cổ, bức tường được lắp ráp từ các protein lớp bề mặt, tạo thành một chuỗi cứng của các phân tử protein để bao phủ bên ngoài tế bào, tương tự như một chuỗi. Archaea thu được năng lượng từ nhiều nguồn khác nhau như đường, amoniac, ion kim loại, khí hydro, ánh sáng mặt trời và carbon, đồng thời sản xuất nitơ, metan, axit sunfuric, v.v. Archaea sinh sản thông qua các biện pháp như phân hạch nhị phân, phân mảnh hoặc nảy chồi. Archaea đã chơi và tiếp tục đóng một vai trò rất lớn trong chu trình carbon và chu trình nitơ trên Trái đất.

Vi khuẩn là miền lớn nhất của các vi sinh vật prokaryote. Chúng được cho là một trong những dạng sống đầu tiên xuất hiện trên Trái đất và có mặt trên hầu hết các môi trường sống, bao gồm cả cư trú bên trong cơ thể của con người, động vật và thực vật. Người ta ước tính rằng có khoảng năm tỷ vi khuẩn (5 × 10 ^ 30) trên Trái đất. Mặc dù ban đầu vi khuẩn được coi là thực vật cấu thành lớp Schizomycetes, nhưng hiện tại nó được phân loại theo sinh vật nhân sơ. Không giống như các tế bào của sinh vật nhân chuẩn, tế bào vi khuẩn không chứa nhân và hiếm khi có các bào quan có màng. Thuật ngữ 'vi khuẩn' là số nhiều của 'vi khuẩn' tiếng Latinh mới và có nguồn gốc từ tiếng Hy Lạp κτήρκτήροοοοο (baktērion) và β thời gian. Thuật ngữ "vi khuẩn" đã được sử dụng để chỉ tất cả các sinh vật nhân sơ, mặc dù sau đó nó đã được thay đổi khi những khám phá bổ sung tìm thấy sự khác biệt giữa các sinh vật.

Vi khuẩn thường có chiều dài vài micromet được tìm thấy trong một loạt các hình dạng bao gồm cocci, trực khuẩn, Vibrio, spirilla, spirochaetes và hình khối. Các tế bào vi khuẩn có kích thước xấp xỉ một phần mười của các tế bào nhân chuẩn và thường có chiều dài 0, 5. Hình dạng của vi khuẩn được xác định bởi thành tế bào và tế bào, làm thay đổi và thích nghi để nhận chất dinh dưỡng thích hợp, bám vào bề mặt, bơi qua chất lỏng và thoát khỏi động vật ăn thịt. Thành vi khuẩn được bao quanh bởi màng lipid bao bọc và chứa các chất dinh dưỡng, protein và các thành phần thiết yếu khác của tế bào chất trong tế bào. Là prokaryote, vi khuẩn không có các bào quan có màng và do đó có chứa một vài cấu trúc nội bào lớn. Họ thiếu một nhân thực sự, ty thể, lục lạp và các bào quan khác. Họ cũng chỉ có một RNA polymerase. Màng tế bào chứa các liên kết este, trong khi các thành tế bào được làm bằng peptidoglycan. Vi khuẩn phát triển và sinh sản vô tính thông qua phân hạch nhị phân.

Vi khuẩn là một phần quan trọng của hành tinh và đóng một phần rất lớn trong việc tái chế các chất dinh dưỡng, chẳng hạn như cố định nitơ từ khí quyển và khử mùi. Ngay cả trong điều kiện khắc nghiệt, vi khuẩn cung cấp chất dinh dưỡng cần thiết để duy trì sự sống bằng cách chuyển đổi các hợp chất hòa tan như hydro sunfua và metan. Vi khuẩn cũng có thể gây hại cho cơ thể bằng cách tạo ra nhiều loại bệnh ở người, chẳng hạn như bệnh hô hấp, HIV, v.v ... Trong nhiều bệnh, kháng sinh được sử dụng để loại bỏ cơ thể của vi khuẩn gây hại. Vi khuẩn cũng có những công dụng khác như xử lý nước thải, phá vỡ sự cố tràn dầu, sản xuất phô mai và sữa chua, thu hồi vàng, palladi, đồng và các kim loại khác.