Sự khác biệt chính: Shia là một trong hai giáo phái chính của đạo Hồi, người còn lại là người Sunni. Ismaili là một bộ phận trong giáo phái Shia. Sự phân chia là do sự lựa chọn của một Imam.
Trước khi bạn hiểu cách người Shias chia thành ba nhánh này, điều quan trọng là phải hiểu sự khác biệt giữa người Sunni và người Shia được hình thành như thế nào. Dưới thời Muhammad, tất cả người Hồi giáo được coi là một. Muhammad được coi là nhà tiên tri cuối cùng của Thiên Chúa. Sự khác biệt theo sau cái chết của Muhammad. Muhammad chết mà không chính thức tuyên bố người thừa kế lãnh đạo cộng đồng Hồi giáo. Có hai ứng cử viên chính: Abu Bakr (bố vợ của Muhammad) và Ali (em họ và con rể của Muhammad). Người Sunni chọn Abu Bakr, một người bạn và là một người bạn tâm tình của Muhammad làm Caliph để lãnh đạo và tư vấn. Tuy nhiên, người Shia tin rằng Caliphate nên ở trong gia đình Muhammad và do đó ưa thích Ali làm thủ lĩnh. Ali trở thành caliphate thứ tư dưới sự cai trị của người Sunni. Ngoài những điều này, còn có những khác biệt nhỏ khác về cách họ cầu nguyện và những gì họ tin. Vì những khác biệt giữa người Shia và người Sunni, đã xảy ra xung đột liên tục giữa hai giáo phái Hồi giáo.
Shia cũng phải đối mặt với một số bất đồng nội bộ liên quan đến Imam và người sẽ lãnh đạo như một Imam. Theo Shia Hồi giáo, một Imam được coi là một nhà lãnh đạo được tìm kiếm để được hướng dẫn cho tất cả các khía cạnh của cuộc sống. Theo học thuyết Shia, Imamah là một tổ chức thiêng liêng đã thành công với tổ chức Tiên tri. Họ tin rằng Imam được chọn bởi những sinh vật thiêng liêng, họ có kiến thức đầy đủ và có thể giải thích chính xác Qu'ran. Bây giờ, sự khác biệt giữa Shia khác nhau do sự lựa chọn Imam. Ismaili là một nhánh của Hồi giáo Shia được đặt theo tên của Ismail ibn Ja'far, người mà họ tin là Imam hoặc người kế thừa tinh thần được bổ nhiệm một cách hợp pháp. Điều này khác với các Twelvers tin rằng Mūsà al-Kāżim, em trai của Ismail, là Imam thực sự.
Ismailism, tại một thời điểm là nhánh lớn nhất của Shisim có quyền lực chính trị trong thế kỷ thứ mười và mười hai. Vì, Ismalism là một nhánh và là một phần của Shias, cả hai đều có chung niềm tin, bao gồm chỉ có một Thiên Chúa thực sự và Imams nên là hậu duệ của Muhammad thông qua con gái của ông, Fatima. Cả hai, Shias và Ismaili đều tin rằng gia đình Muḥammad (Ahl al-Bayt) là lựa chọn thiêng liêng, không thể sai lầm và được Chúa hướng dẫn để lãnh đạo cộng đồng Hồi giáo.
Nizari Ismaili là một con đường (tariqah) của Hồi giáo Shia, nhấn mạnh công bằng xã hội, đa nguyên và lý trí của con người trong khuôn khổ truyền thống thần bí của đạo Hồi. Nó được coi là nhánh lớn thứ hai của đạo Hồi và tạo thành phần lớn Ismaili. Mustaali Ismaili là một giáo phái của đạo Hồi Ismaili Shia. Sự khác biệt chính giữa Nizari Ismaili và Mustaali Ismaili là người đáng lẽ phải lãnh đạo với tư cách là Imam. Nizaris chấp nhận Imam Nizar (người đầu tiên) là Imam thứ mười chín, trong khi Mustaalis coi em trai của Nizar là Mustali. Người Hồi giáo Nizari hiện đang được lãnh đạo bởi Aga Khan IV, người được biết đến với cái tên Imam Shah Karim.
Theo Wikipedia, tiếng Musta'liyyah cũng được gọi là Taiyabi hay ayyibī, sau Imām cuối cùng mà họ nhận ra, ayyib Abī l-Qāṣim. Trong lịch sử, có một sự phân biệt giữa Ṭayyibiyyah và Ḥāfiziyyah, sau này công nhận những người cai trị Fatimid của Ai Cập (giữa 1130, 1111) là Imāms hợp pháp, và không phải ayyib Abī l-Qāṣim. Quan điểm của Hafizi đã mất tất cả sự ủng hộ sau sự sụp đổ của triều đại Fatimid: Musta'liyya ngày nay đều là Ṭayyibiyyah. Nhóm Mustaali lớn nhất là Bohra, và nhóm Bohra lớn nhất là Dawoodi Bohra, chủ yếu được tìm thấy ở Ấn Độ. Cái tên Bohra là một cách diễn giải lại từ Gujarati từ vahaurau ("để giao dịch"). Người Bohrā bao gồm hai nhóm chính: một tầng lớp thương gia chủ yếu là Shīʿī và một nhóm thiểu số Sunn, chủ yếu là nông dân.
Người Shia và người Ismaili khá giống nhau về tín ngưỡng và văn hóa của họ, vì người Ismailis là một phần của giáo phái Shia. Tất cả các giáo phái đều có chung niềm tin liên quan đến Allah và Muhammad. Allah được tin là Thiên Chúa duy nhất và chân chính, với Muhammad là nhà tiên tri cuối cùng của Thiên Chúa.