Sự khác biệt chính: Kinh thánh Công giáo chứa bốn mươi sáu cuốn sách nguyên bản của Cựu Ước, (bao gồm bảy cuốn sách của Apocrypha) và hai mươi bảy cuốn sách của Tân Ước. Kinh thánh Tin lành chỉ bao gồm ba mươi chín cuốn sách của Cựu Ước và hai mươi bảy cuốn sách của Tân Ước.

Vấn đề chính trong khi phân biệt giữa Công giáo và Thiên chúa giáo phát sinh khi nhiều người không nhận ra rằng Công giáo La Mã là một giáo phái của Kitô giáo, giống như Giáo hội Chính thống Đông phương, và các giáo phái Tin lành khác nhau. Các giáo phái của Tin Lành bao gồm Lutheran, Baptist, Anglican, Calvin, Quakers, Shakers, v.v.

Một sự khác biệt lớn giữa các nhà thờ Công giáo và Tin lành là niềm tin của họ đối với Kinh thánh. Người Công giáo xem Kinh thánh là có thẩm quyền ngang bằng với Giáo hội và truyền thống, trong khi đó, người Tin lành coi Kinh thánh là cơ quan tối cao cho đức tin và thực hành.

Người ta cần lưu ý rằng Kinh Thánh không chỉ là một cuốn sách; nó là một bộ sách từ các tác phẩm đến các sự kiện lịch sử. Đó là một thư viện những câu chuyện về cuộc đời của Chúa Giêsu, các tông đồ của Người và cuộc sống của họ sau khi Chúa Giêsu chết trên thập tự giá. Vào cuối thế kỷ thứ 4, những tập và câu chuyện khác nhau đã được tuân thủ thành một tập, về cơ bản là kinh thánh hiện đại, như chúng ta biết. Kinh thánh hiện đại gồm có hai phần: Cựu Ước và Tân Ước.

Cả Kinh thánh Công giáo và Tin lành đều bao gồm Tân Ước theo cùng một định dạng. Sự khác biệt phát sinh trong Cựu Ước. Cựu Ước như được bao gồm trong Kinh thánh Tin lành đã trải qua việc phong thánh các giáo lý hoặc sách. Canonization là một quá trình lựa chọn những cuốn sách nên ở lại và trở thành một phần của Kinh thánh, và những cuốn sách nên được loại trừ. Kinh thánh Tin lành chỉ bao gồm những cuốn sách được coi là lời của Chúa. Sách và truyện được coi là do "người đàn ông" viết ra đã bị loại trừ. Quá trình phong thánh này mất nhiều thế kỷ.

Cựu Ước trong Kinh thánh gốc được dựa trên bản dịch tiếng Hy Lạp của Kinh thánh Do Thái, được gọi là bản Septuagint. Khoảng năm 100 sau Công nguyên, các giáo sĩ Do Thái đã sửa đổi Kinh thánh của họ và thiết lập một giáo luật Do Thái giáo chính thức, loại trừ một số phần của bản Septuagint của Hy Lạp.

Những cuốn sách bị loại bỏ là Tobit, Judith, 1 Maccabees, 2 Maccabees, Wisdom (của Solomon), Sirach và Baruch. Một phần của những cuốn sách hiện tại cũng bị loại bỏ bao gồm Thi thiên 151 (từ Thi thiên), các phần của Sách Esther, Susanna (từ Daniel như chương 13), và Bel và Rồng (từ Daniel như chương 14).

Kinh thánh tiếp tục sử dụng văn bản của bản Septuagint ban đầu là Cựu Ước. Tuy nhiên, vào những năm 1500, các nhà lãnh đạo Tin lành đã quyết định tổ chức các tài liệu trong Cựu Ước theo giáo luật chính thức của Do Thái giáo thay vì Septuagint. Họ phân phát Cựu Ước thành hai phần. Các tài liệu trong Cựu Ước không có trong kinh điển Do Thái đã được chuyển vào một phần riêng biệt của Kinh thánh gọi là Apocrypha. Vì vậy, Kinh thánh Tin lành hiện nay bao gồm ba phần: hai mươi bốn cuốn Kinh thánh tiếng Hê-bơ-rơ được chia thành ba mươi chín cuốn như Cựu Ước sửa đổi, hai mươi bảy sách Tân Ước, bao gồm bốn sách Phúc âm Canon, Công vụ Tông đồ, hai mươi mốt thư tín hoặc thư và Sách Khải Huyền, và bảy cuốn sách trong Apocrypha. Vào những năm 1800, Apocrypha cuối cùng đã bị hủy bỏ thành phiên bản Tin lành của Kinh thánh. Những cuốn sách của Apocrypha còn được gọi là những cuốn sách deuterocanonical.

Tuy nhiên, Giáo hội Công giáo La Mã đã không tuân theo các bước của Tin lành, và tiếp tục dựa vào Cựu Ước của họ về bản Septuagint. Vì vậy, về cơ bản, Kinh thánh Công giáo vẫn chứa bốn mươi sáu cuốn sách nguyên bản của Cựu Ước, (bao gồm bảy cuốn sách của Apocrypha) và hai mươi bảy cuốn sách của Tân Ước. Kinh thánh Tin lành, mặt khác, hiện bao gồm ba mươi chín cuốn sách của Cựu Ước và hai mươi bảy cuốn sách của Tân Ước.